Mỗi cá nhân chỉ có 1 mã số thuế duy nhất, trường hợp cá nhân có 02 mã số thuế thu nhập cá nhân, chỉ sử dụng mã số thuế đầu tiên và huỷ mã số thuế đăng ký sau.
Tổng cục Thuế đang tích cực phối hợp với Bộ Công an chuyển đổi sang sử dụng số định danh cá nhân làm mã số thuế. Sau khi chuyển sẽ không còn tình trạng một cá nhân có nhiều mã số thuế.